一种神谕告诉阿耳戈斯国王阿克里西俄斯说他的孙子会将他逐出王位并谋害他的生命。因此他将他的女儿达那厄和她与宙斯所生的儿子珀耳修斯都装在一只箱子里投到大海里，宙斯引导着这只箱子穿过大风浪，最后，潮水将它运送到塞里福斯岛。这岛是狄克堤斯和波吕得克忒斯两兄弟所统治的国土。当狄克堤斯正在捕鱼，这只箱子浮出水面，他将它拖到岸上。他和他的哥哥都热爱着达那厄和她的孩子。波吕得克忒斯娶她为妻并用心抚育宙斯的儿子珀耳修斯。
当他长大成人，他的后父鼓舞他出去冒险，并从事一些可以使他得到荣誉的探险。这青年是很愿意的。他们决定让他去寻访墨杜萨，割下她的可怕的头，并将它带到塞里福斯的国王这里来。
珀耳修斯出发从事于他的探险，神祇引导他达到众怪之父福耳库斯所居住的遥远的地方。在那里珀耳修斯遇到了福耳库斯的三个女儿：格赖埃。她们一生下来就长着白发，且在她们之间只有一眼一牙，三个人轮流使用着。珀耳修斯夺去她们的牙和眼。当她们要求退还她们的无价之宝时，他提出一个条件：要她们告诉他到女仙那里去的道路。
这些女仙是会魔术的，有着几种可赞美的宝物：一双飞鞋，一只革囊，一顶狗皮盔。无论谁佩戴它们，便可以飞到他所想去的地方，并可看见他所想见的任何人而自己不会被人看见。福耳库斯的三个女儿告诉他到女仙们那里去的路，所以他归还她们的牙和眼。到了女仙那里，珀耳修斯找到他所要求的宝物。他将革囊挂在肩膀上，将飞鞋绑扎在脚上，将狗皮盔戴在头上。赫耳墨斯并借给他青铜盾。他佩备着这些，飞到大海中福耳库斯的另外的三个女儿戈耳工们所居住的地方。只有名叫墨杜萨的第三个女儿是肉身，所以珀耳修斯奉命来割取她的头颅。他发现戈耳工们都在熟睡。她们都没有皮肤，却有着龙的鳞甲；没有头发，头上却盘缠着许多毒蛇。她们的牙如同野猪的獠牙，她们的手全是金属的，并有着可以御风而行的金翅膀。珀耳修斯知道任何人看见她们便会立刻变为石头，所以他背向这熟睡的人们站着，只从发光的盾牌里看出她们的三个头的形象，并认出墨杜萨来。雅典娜指点他怎样下手，所以他平安无事地割下了这个怪物的头。
但这事刚刚做完，一只飞马珀伽索斯立即从她的身体里跃出。随着又跃出巨人克律萨俄耳。二者都是波塞冬的儿子。珀耳修斯将墨杜萨的头装在革囊里，仍如来时一样，往回飞奔。但如今墨杜萨的两个姊姊醒了，从床上起来。她们看见被杀死的妹妹的尸体，即刻飞到空中追逐凶犯。但女仙的狗皮盔使珀耳修斯不会被人看见，所以她们看不见他。他在空中飞行时，大风吹荡着他，使得他像浮云一样左右摇摆，也摇摆着他的革囊，所以墨杜萨的头颅渗出的血液，滴落在利比亚沙漠的荒野，遂变成各种颜色的毒蛇。从此以后，利比亚地方特多蝮蛇和毒虫之害。珀耳修斯仍然向西飞行，直达到阿特拉斯国王的国土才停下来休息。
这国王有一个结着金果的小树林，派了一条巨龙在上空看守着。戈耳工的征服者要求在这里住一夜，但得不到允许。阿特拉斯国王恐怕他的宝物被偷，所以将他逐出宫殿。这使珀耳修斯很愤怒，他说：因为你拒绝了我的请求，我倒要送给你一件礼物呢！于是他从革囊里取出墨杜萨的头颅，将它向着那国王举起来，国王即刻变成了石头，或者说得更确切一点，他的巨大身躯变成了一座山。他的须发变成广阔的森林。他的双肩，两手和骨头变成山脊，他的头变成高入云层的山峰。现在珀耳修斯又将飞鞋绑在脚上，革囊挂在身旁，狗皮盔戴在头上，飞腾到空中。
在他的旅途中，他来到刻南斯在执掌权力的埃塞俄比亚的海岸。这里他看见一个女子被锁在突出于大海中的悬岩上。假使人是在空中飘拂着她的头发，在眼中滴着她的眼泪，他会以为她是一尊大理石的雕像呢。他为她的美丽所陶醉，几乎忘记扇动他的翅膀。告诉我，他请求她，你这应以灿烂的珠宝来装饰的美人，为什么被锁在这里呢？告诉我你的家乡。告诉我你的名字。
起初她沉默而羞涩，害怕同一个陌生人说话。假使她能移动，她一定会用双手遮蒙着脸。但为了使这青年不要以为她有着必须隐瞒的罪过，所以最后她回答说，我是安德洛墨达，埃塞俄比亚的国王刻甫斯的女儿。我的母亲向海洋的女仙，即涅柔斯的女儿们夸耀，说她比她们更美丽。这触怒了涅柔斯的女儿们。她们的朋友海神，涌起一片洪流，泛滥大地。随着洪水，来了一个逢物便吞的妖怪。神谕宣示：如果将我国王的女儿掷给恶怪作食品，这灾患就能避免。我的父亲被人民逼迫着要拯救他们，在悲痛中将我锁在这悬岩上。
她刚刚说完，波涛就哗的一声分开，从海洋深处出来一个妖怪，宽宽的胸膛平铺在水面上。这女郎吓得尖声喊叫，她的父母也忙着走来，满怀着悲痛，她的母亲感觉到这是由于她的过错，更加倍的痛苦。他们拥抱着他们的女儿，但除了哭泣和悲痛以外还有什么法子呢。
于是珀耳修斯说：要哭总是有时间的。但行动的机会却很快就消逝了！我是珀耳修斯，宙斯和达那厄的儿子。神的翅膀使我能在空中飞行，墨杜萨已死在我的宝剑下。假使这个女郎是自由的，并可以在许多人之中选择她的配偶，我也并不是配不上她的。但像她现在这个样子，我却要向她求婚。并愿意搭救她。这时，欣幸的父母不仅把女儿许给他，并以他们自己的王国作为她的妆奁。
当他们正在互相谈论，这妖怪却如扯满风帆的船舶一般地游了过来，距离悬岩只有一投石的距离了。青年用脚一蹬腾空而起。妖怪看见他在海上的影子，就飞速地向影子追逐，意识到有一个敌人要骗取它的猎获物。珀耳修斯从天空俯冲下来，如同一只鹫鹰落在这妖怪的背上，并以杀戮墨杜萨的宝剑刺入它的后背，直到只剩刀柄在外。他抽出刀子来，这有鳞甲的妖怪就跃到空中，忽而潜入水底，并四向奔突，就好像被一群猎犬追逐着的野猪一样。珀耳修斯一再向这怪物刺击，直到黑血从它的喉管喷涌而出。但他的翅膀濡湿，他不敢再信靠他的水淋淋的羽毛。幸而他发现一根尖端还露在水面的帆柱，他左手抓着它，支持住自己，右手持着宝剑，一次，两次，三次，四次地刺杀着怪物的肚子。海浪将它的巨大尸体运走，不久它也就从海面消失了。珀耳修斯跳到岸上，爬上悬岩，解开女郎的锁链。她怀着感谢和爱欢迎他。他带她到她的正庆幸着得救的父母那里，金殿的宫门也大大地启开，来迎接这个新郎。
但结婚的盛宴未终，正在极欢乐的时候，宫庭中突然充满扰攘。国王刻甫斯的弟弟菲纽斯，过去曾向他的侄女安德洛墨达求过婚，只是在她遭到危难的时候却舍弃了她。现在他带着一支武装队伍，来重申对于她的要求。他挥舞着他的长矛闯入结婚的礼堂，并对珀耳修斯高声叫骂，以至于使他很吃惊地听着。我来找抢去我的未婚妻的贼人复仇！任你的翅膀，你的父亲宙斯，都不能使你逃脱！他一面说着，一面瞄准着矛头。
刻甫斯站起来，叫唤着他的兄弟：你发疯了！他说。什么东西驱使你干这种坏事？并不是珀耳修斯抢去了你的未婚妻。当我们被迫同意让她牺牲的时候，你舍弃了她。作为一个叔父或者一个情人，你袖手旁观，看着她被绑走而不援救。你自己为什么不从悬岩上去夺取她呢？现在你至少应当让她归于那个正当地赢得了她，并以保全我的女儿而安慰了我的晚年的人
菲纽斯不作回答。他的凶恶的眼光一会望着他的哥哥，一会望着他的情敌，好像在暗暗揣度着应该先从谁下手。但踌躇了一会之后，他在暴怒中用全力向珀耳修斯投出他的矛。只是投不准确，矛头扎进床榻的垫子里。现在珀耳修斯已经跳了起来，向菲纽斯进来的那扇大门投出他的矛。假使不是他闪在祭坛后面躲开了，那必然会刺穿他的胸脯。但它毕竟刺中了他的一个同伴的前额，所以全部扈从的武士都拥上来，短兵相接地和参加婚礼的宾客们搏斗。他们格斗得很久，但因闯入者与宾客之间众寡悬殊，珀耳修斯终于发觉自己被菲纽斯及其武士围困着。箭镞在空中飞射如同暴风雨中的冰雹。珀耳修斯背靠着一根柱子，利用这有利的据点招架敌人，阻止他们前进，并杀死很多的武士。但他们人数太多了，当他知道单凭勇气已经没有用，他不得不依靠最后的手段。是你们逼我这样做的，他喊道，我的过去的仇敌将帮助我了！请这里所有的友人都回过头去！于是他将挂在肩上革囊里的墨杜萨的头颅取出，向最逼近的攻击者举起。这人略一瞥视，就轻蔑地大笑。 去，让你的魔法去作弄别人去罢。他叫道。但当他刚一举手投矛，他却变成石头，他的手仍然举在空中。别的人也逐一遭到这同样的命运。最后只剩下两百个人了，珀耳修斯高举墨杜萨的头，使大家都可以立刻看见，于是两百个人都立刻变成了岩石。直到此时菲纽斯才悔恨他的不义的战争。他的左右除了石像外业已一无所剩。他叫唤他的朋友们，但没有一人回答。他用怀疑的手指轻触着离他最近的人们的肉体，但它们已变成大理石！最后他陷入恐怖中，他的挑战变得狼狈不堪。饶我一命罢！他祈求说。新妇和王国都给你！但由于悲痛着他的新朋友们的死，珀耳修斯是很难和解的。 贼徒哟，他回答，我将为你建立一个永久的纪念碑在我的岳父的宫殿里。菲纽斯虽然企图逃避，但终于被迫看到那可怕的头颅。他的眼睛里边的眼泪冻结成为石头，他怯懦地站在那里，两手下垂着，完全是一种奴仆的卑贱的样子。
现在珀耳修斯可以将他心爱的安德洛墨达带回家了。悠长的光辉的日子等待着他。他还找到他的母亲达那厄。但他仍不能避免给他祖父阿克里西俄斯带来灾难。阿克里西俄斯因为恐惧神谕，逃亡到异地，到了珀拉斯戈斯的国王那里。在这里他出席一个节日的赛会。这时，珀耳修斯正向着亚耳戈斯航行，路过这里。也参加比赛，却不幸在掷铁饼时打死了阿克里西俄斯。后来他知道他所做的事，并知道他所杀害的是谁，他深深地悲悼死者，将他安葬在城外，并卖出他所继承的王国。现在嫉恨的复仇女神才终止对于他的迫害。安德洛墨达为他生育了许多美丽的儿子，他们一直保持住父亲的荣名。